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10x Visium
10x Genomics Visium将基因空间表达可视化,在识别不同细胞群的同时保留空间背景,提供了关于组织微环境中细胞功能、表型和位置关系的关键信息,为基因表达和组织复杂性研究提供了一个新视角。
将冰冻组织切片放置在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内,进行HE染色和成像后,对组织切片进行透化处理,细胞内的mRNA释放,从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获,并且每个探针都带有特异的地址序列,然后以mRNA为模版进行cDNA合成,构建文库后进行测序,从而能够获得基因表达的位置信息。
Visium
空间基因表达玻片信息
Visium芯片有4个捕获区域,每个区域大小为6.5mm *6.5mm,每个spot直径为55um,包含数百万个用于捕获的oligo探针序列,相邻两个spot点的中心距离为100um。探针序列的结构为:测序引物结合序列,16 nt spatial barcoded,12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。
样本起始量与送样建议
组织类型
样本收集
OCT包埋冰冻组织/白片/切片
制备 OCT包埋冰冻组织块,建议组织大小为长×宽不超过 6.5mm×6.5mm,高度≥5mm;
白片或贴片建议准备6-13 片(10μm 厚度)。
封装好用干冰进行寄送。
FFPE包埋组织/白片/切片
石蜡包埋组织封装好后,4℃进行寄送。
石蜡包埋白片或贴片建议准备6-13 片(5μm 厚度),4℃进行寄送。
注意事项:
详细样本准备指南,请联系在线客服。
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