Stereo-seq基于 DNA 纳米球 (DNA Nano Ball，DNB) 开发，是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术，可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的 mRNA，并通过空间条形码 (Coordinate ID， CID) 还原回空间位置，实现组织原位测序，为深入地了解细胞的基因表达及形态与局部环境之间的关系建立强大的研究技术。


在Cell上发表的“Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays”。基于Stereo-seq的单细胞分辨率、高灵敏度和大视野，用于生成空间分辨的小鼠转录组图谱器官发生。本文分析了成年小鼠冠状半脑切片，该切片在原位分析前应用了核酸染料，以评估获得的信号与测序后的 Stereo-seq 数据之间的相关性。Stereo-seq 检测到染料和聚合转录物的显着共定位，表明Stereo-seq可以细胞分辨率剖析成年小鼠大脑；为分析大脑数据，团队还对Stereo-seq数据进行了无监督 SCC，以识别不同的解剖区域，包括皮层和皮层下区域，例如海马、丘脑和纹状体等，证明了Stereo-seq 可以高灵敏度和大视野的无偏方式在空间上表征复杂组织的转录组组织和单个细胞类型组成。